Агенцията е централизирана административна структура към министъра на финансите.

 

Агенцията е юридическо лице - второстепенен разпоредител с бюджетни кредити към министъра на финансите, със седалище София, ул. "Г. С. Раковски" 47.

 

Издръжката на агенцията се формира от бюджетни средства и от приходите по чл. 14 от Закона за митниците, на които агенцията е администратор.

 

Агенцията е структурирана в Централно митническо управление и девет митници -Аерогара София, Бургас, Варна, Лом, Пловдив, Свищов, Столична, Русе и Югозападна.

 

Митниците се ръководят от началници, които отговарят пряко за дейността на съответните митнически учреждения.

 

Общата численост на персонала на агенцията е 3362 щатни бройки, от които 640 щатни бройки е числеността на Централно митническо управление.

 

В рамките на общата численост на персонала на агенцията се определя по един представител на агенцията в Постоянното представителство на Република България към Европейския съюз в Брюксел, Белгия, в Световната митническа организация в Брюксел, Белгия, и в Регионалния център за борба с трансграничната престъпност към Инициативата за сътрудничество в Югоизточна Европа със седалище Букурещ, Румъния.

 

Администрацията на Централното митническо управление на Агенцията е организирана в 5 дирекции обща администрация, 9 дирекции специализирана администрация, инспекторат, звено по сигурността и звено за вътрешен одит.   Служители от Централното митническо управление и от митниците в рамките на своята компетентност участват в работните органи на Европейския съюз, международните организации и конвенции.

 

Организацията и дейността на териториалните митнически учреждения (митници) се определя с правилници, приети от министъра на финансите, предложени от директора на агенцията.