Дирекция „Финанси и обществени поръчки" е част от общата администрация. Нейните задачи са:

1. осигурява финансово-счетоводното обслужване на Централното митническо управление;

2. участва в разработването на нормативната уредба по планирането и управлението на финансовите средства и бюджета в Агенцията;

3. разработва обобщен проект на бюджет на Агенцията;

4. изготвя, обосновава и предлага за утвърждаване в съответствие с бюджетната процедура разпределението на бюджетни средства на третостепенните разпоредители на Агенцията и контролира разходите им;

5. осъществява методическо ръководство в отчетността на митническата администрация и прилагането на финансовото законодателство;

6. организира и контролира текущото изпълнение на утвърдения бюджет;

7. изготвя периодични отчети и подготвя годишния отчет и баланс на Агенцията;

8. организира дейността по отчитането на държавните вземания за държавния бюджет;

9. разработва методически указания по отчитането на приходите от държавни вземания, контролирани от митническите органи;

16. осъществява обмен на информация и координация с Българската народна банка и с търговските банки, обслужващи сметките на митническите учреждения;

17. контролира отчитането на обезпеченията с парични депозити и банкови гаранции;

18. упражнява превантивен, текущ и последващ вътрешнофинансов контрол на Агенцията;

19. обобщава резултатите от събраните пътни и винетни такси;

20. организира, координира и планира дейностите по провеждане на обществените поръчки в митническата администрация.

21. изготвя и съгласува за законосъобразност проекти на индивидуални административни актове документации и договори по Закона за обществените поръчки;

22. осъществява процесуално представителство пред правораздавателните органи и съдебната власт във връзка с производства по Закона за обществените поръчки, по които страна е Агенцията.